El edificio también está integrado por:

Oficinas administrativas: desde donde se dirige y supervisa el funcionamiento general del museo.

Taller de restauración: donde se limpian, restauran y conservan los objetos que forman parte de la colección del museo y los que son prestados para su exhibición.

Taller de museografía: donde se planean, diseñan y en general se fabrican los diferentes elementos que permiten exhibir los objetos de manera armoniosa y comprensible.

Auditorio: con su escenario y un área con capacidad para 450 personas en donde se llevan a cabo las más diversas actividades. Ha sido sede de conciertos, representaciones teatrales, grupos de danza clásica y popular, exposiciones temporales, seminarios, conferencias, talleres, expo ventas de artesanías.

Sala Didáctica: funciona al igual que el auditorio, como un espacio de usos múltiples, aunque de menor capacidad. También está destinada a ser lo que en los museos activos, han dado por llamar la sala de “tocar y sentir”, en donde los niños pequeños pueden realizar actividades que los ayudan a entender lo que significa un museo, con su contenido específico.

Además, cuenta con dos patios o jardines. En el principal se ubica la Cafetería que permite a los visitantes recobrar energías y degustar platos típicos de la cocina hondureña. En este jardín se han llevado a cabo numerosos festejos y se han realizado diversas actividades como el expo venta de cerámica lenca. En el patio lateral, que corre a lo largo de la cuarta calle, se están sembrando plantas originarias de la zona, que aportan al hombre diferentes beneficios: alimento, medicinas, materiales de construcción, etc.